新冠肺炎疫情發生以來，全國各級生態環境部門按照黨中央國務院統一部署，做到守土有責、守土擔責、守土盡責，認真做好空氣、地表水，尤其是飲用水水源地等生態環境質量監測工作。
生態環境部第一時間印發《關于做好應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情生態環境應急監測工作的通知》，要求充分發揮水、空氣自動站的監測預警作用，指導各地開展空氣、地表水，尤其是飲用水水源地等生態環境質量監測工作，保障防疫期間生態環境質量安全。針對疫情防控過程可能存在的過度使用消毒劑的情形，要求在飲用水水源地常規監測指標基礎上，增加余氯等特征指標監測。出臺相關技術文件，規范應急監測和疫情防護要求，指導各地配合有關部門做好醫療廢水、污水處理設施出水水質的監督性監測。
地方各級生態環境部門按照統一部署，在當地疫情防控領導小組統一指揮下，制定應急監測方案，認真做好行政區域內飲用水水源地、定點醫療機構、相關污水處理設施等監測，并將監測結果及時反饋有關單位和部門，指導做好污水處理、消毒等防疫處置工作。
337個地級以上城市空氣自動監測結果表明，2020年2月1日至19日，337個地級及以上城市平均優良天數比例為87.1%，比去年同期上升9.3個百分點。
1601個國家網水質自動站監測結果表明，2020年2月1日至19日，全國地表水Ⅰ——Ⅲ類水質斷面比例為87.3%，Ⅳ類和Ⅴ類斷面比例為10.8%，劣Ⅴ類斷面比例為1.9%，與去年同期相比基本保持穩定。
累計對6900余個飲用水水源地開展的監測結果表明，2020年2月1日至19日，未發現受疫情影響飲用水水源地水質的情況。其中，對994個飲用水水源地開展了余氯監測，7個飲用水水源地余氯有檢出，濃度低于自來水廠出水標準，其它飲用水水源地余氯均未檢出。湖北省飲用水水源地水質全部達標，其中，武漢市長江紗帽（左）、漢江宗關、長江楊泗港、長江沌口、漢江琴口等主要飲用水水源地水質均優于《地表水環境質量標準》（GB3838-2002）Ⅲ類標準限值。飲用水水源地水質總體未受疫情影響。
2020年2月1日至20日，全國各省級生態環境部門均組織對重點地區定點醫療機構、城鎮污水處理設施的出水水質開展了監督性監測。其中，武漢市對火神山醫院、同濟醫院、協和醫院等63家定點醫院的污水處理設施出水水質開展了監測。監測結果表明，定點醫療機構污水處理設施出水余氯濃度基本符合《醫療機構水污染物排放標準》（GB18466-2005）限值，城鎮污水處理設施出水余氯均有檢出。
總體來看，全國城市環境空氣、地表水、飲用水水源地環境質量保持穩定，生態環境質量未受疫情影響。
