當前，我國礦山修復環境治理和生態恢復資金籌措的良性運行機制仍然欠缺，專項資金來源單一，涉及礦產資源收費名目多、部門多，部門收費使用方向不明確，地方政府投資積極性整體不高，企業投資和治理意識淡薄。具體表現在以下幾個方面：
礦區環境治理和生態恢復資金籌措機制還無法滿足實際需要
1、礦山環境治理恢復保證金制度適用范圍不夠寬。目前全國多數省已經建立礦山環境治理恢復保證金制度，均規定保證金只適用于新建礦山企業，或新礦山開發新產生的破壞。而對于歷史遺留的礦山環境治理與生態恢復成本仍然納入保證金的范疇。
2、現行礦產資源補償費沒有體現生態環境補償的政策含義。我國礦產資源補償費的開征目的是為了保障和促進礦產資源的勘查、保護與合理開發，維護國家對礦產資源的財產權益，僅僅將資源補償費作為調整國家和礦產資源開發利用者之間的經濟利益關系的手段。因此，國家將補償費的開支主要集中于礦產資源勘探成本補助上（不低于70%），并適當用于礦產資源保護支出和礦產資源補償費征收部門經費補助預算，而環境治理和生態恢復所需要的資金沒有納入補償費的支出范圍。
3、礦產資源補償費征收標準過低，未能隨礦產資源價值、市場情況變動。中國的石油、天然氣、煤炭、煤成氣等重要能源的補償費都只有1%，而國外石油天然氣礦產資源補償費征收率一般為10%至16%，即使是美國這樣一個礦產資源遠比中國豐富的國家，其石油、天然氣、煤炭（露天礦）權利金費率也高達12.5%。
4、礦山環境治理與生態恢復中央專項資金資助范圍有限，資金總量小，地方配套困難。當前，中央礦山環境治理的專項資金來源主要是礦產資源補償費和礦權使用費與價款，但是中央下達的專項資金估計只占三項收費收入的10%-20%，占礦山歷史所創利稅的1%，可見總體投資量不大。相對于老舊礦山環境治理和生態修復實際資金需求，中央投入的資金遠遠無法滿足需要。此外，礦山環境治理與生態恢復中央專項資金要求地方政府和企業配套，但由于有的地方政府和企業財力有限等原因，實際到位配套率不高。
5、部門經費整合效果不佳，部門間協調難度大。礦區生態破壞問題不單純是土地破壞問題，還涉及污染和森林植被破壞等多個方面。我國《森林法》、《土地復墾條例》、《水土保持法》、《土地管理法》以及《環境保護法》均規定了各級政府和礦山企業對礦山環境和生態恢復的法律責任，并賦予了林業、土地、水利、環保等部門依法收取相關費用（如植被補償費等）的權力。但是，從礦山環境治理和生態恢復的資金來源的實際情況看，目前只有國土資源管理部門一家“孤軍奮斗”，其他部門基本上置身度外，沒有為礦山環境治理和生態修復工程提供過應有的資金支持。值得關注的是，《礦山地質環境保護規定》強化了國土資源管理部門壟斷礦山環境治理和生態修復的權力和義務，相關的環境保護、林業、水利等部門被排除在礦山生態環境治理、生態修復質量評價和監督體系之外，環境保護、林業部門無法在礦山生態環境保護監督方面行使執法權。
礦山環境治理和生態修復缺乏全面系統的規劃
目前規劃方面存在的主要問題：
1、礦山企業占地以外的植被與生態破壞狀況不清；
2、鄉鎮礦山企業和個體礦山企業占地范圍內的植被與生態破壞狀況不清。家底不清，多頭管理，各自為陣，缺乏系統的綜合規劃，是造成礦區植被保護和生態恢復治理滯后的重要原因。
環境治理和生態恢復范圍小，對礦山外部生態環境治理和生態恢復重視不夠
礦山企業占地以外的環境治理與生態恢復工作未納入礦山企業職責范圍。礦山企業占地范圍的植被與生態破壞只是礦產開采引起的植被與生態破壞的一部分。除了露天礦以外，礦山企業占地在礦區面積中只占很少的部分，礦產開采中造成的植被與生態破壞必然涉及到礦區周邊范圍。根據山西省調查結果，礦產開采除了引起徑流量減少，地下水位下降和濕地縮小外，還因產生采空區漏斗狀輻射區域而影響地表植被，其面積約為采空區面積的2.6倍。當前，由于礦區周邊影響范圍的生態恢復治理的職責還沒有明確，礦區整體范圍內的生態系統難以在環境自凈和自然演替的作用下得以恢復平衡。
礦山環境治理和生態恢復任務重，生態恢復差距甚遠。中投顧問發布的《2017-2021年中國礦山生態修復行業深度調研及投資前景預測報告》表示，目前，我國礦山總的復墾率不到10%，與國外大多數國家的50%以上的土地復墾率相比，差距巨大。
